Museet blev grundlagt i 1793, men forskningen indenfor naturhistoriske områder går helt tilbage til 1600-tallet, da der her lå en have med lægeurter. Den blev skabt af Kong Ludvig d. 13. i 1635. I dag har museet to formål, dels naturhistorisk forskning og dels udbredelse af naturhistorisk viden til befolkningen. Den store botaniske have samt den zoologiske have ved siden af, hører begge under MNHN.
Der ses også tre bygninger ved siden af hinanden i den østlige side af den botaniske have. Dette er udstillingsbygninger, hvor den ene hedder Galerie de Minéralogie de Géologie et de Paléobotanique. Her udstilles mineraler, meteoritter, ædle stene og krystaller. En anden bygning hedder Galerie Entomologique, som viser gamle fossile insekter. Den tredje bygning er Galerie Paléontologique, som viser udviklingen i anatomien for flere tusinde hvirveldyr. Fossiler udstilles sammen med reproduktioner af forhistoriske dyr.
På museet udstilles der om mange områder indenfor naturhistorie, bl.a. kan der ses mange udstoppede dyr. Et af de udstillede områder er Polarregionen, hvor der bl.a. vises isbjørne og en søelefant. Den afrikanske savanne skildres med løver, giraffer, zebraer m.m. og regnskoven vises bl.a. med fugle, aber og insekter.