Sainte Chapelle blev opført af Ludvig d. 9. (Ludvig "den hellige") for at opbevare de relikvier, han havde erhvervet. Kejseren af Konstantinopel (Østromersk kejser) lånte penge af venetianerne, imod han overdrog den tornekrone, Jesus skulle have båret, da han blev korsfæstet. Da Kejseren ikke kunne betale sin gæld tilbage, henvendte han sig til den franske konge Ludvig d. 9. Han betalte lånet og erhvervede sig dermed tornekronen i 1239.
Ludvig d. 9. erhvervede også andre relikvier, bl.a. en splint af Jesus kors i 1241. Disse relikvier sammen med oprettelsen af relikvieskrin kostede mere, end det kom til at koste at opføre kirken.
Sainte Chapelle blev indviet i 1248 efter knap tre års byggearbejde. Dette var temmelig hurtigt, hvor f.eks. arbejdet med opførelsen af Notre Dame varede næsten 200 år. Man plejer normalt at sige, at arkitekten bag Sainte Chapelle var den kendte arkitekt Pierre of Montreuil. Men man mener også, at der var andre arkitekter med til opførelsen.