Kirken blev hofkirke i 1300-tallet, da kongefamilien flyttede fra slottet på Île de la Cité til Louvre slottet. Det gjorde, at kirken fik mange gaver og donationer, som kom til at præge dens udsmykning. Den er viet til Saint Germain, som i 400-tallet var en biskop fra byen Auxerre.
Selvom kirken er opført i flere forskellige stilarter, er den overvejende i gotisk stil. Den har et oprindeligt romansk tårn, men i midten af 1800-tallet fik den også et nygotisk klokketårn. Våbenhuset er fra 1430'erne.
Under revolutionen i 1789 blev kirken brugt som lade. Næsten alt af den oprindelige indretning gik tabt. Der er dog nogle få ting tilbage, som f.eks. den store flamske altertavle udskåret i eg. Den er fra begyndelsen af 1500-tallet. Der ses også en kongelig kirkestol fra 1684. Orgelet er fra 1600-tallet og kommer fra Sainte Chapelle.Der ses også to rosevinduer, som sammen med glasmalerierne i tværskibet, er fra slutningen af 1400-tallet. Flere kendte personer er begravet i kirken, f.eks. arkitekten Le Vau, som arbejdede på det store Versailles slot lidt udenfor Paris.