I de efterfølgende århundrede var det centrum for teologiske studier, hvor der kunne være flere tusinder studerende på dette fakultet. De studerende kom fra hele Europa. I 1470 fik Paris' Universitet den første trykkemaskine i Frankrig. I 1500-tallet åbnede College de France ved siden af universitetet, som var en konkurrent med en mere fri form undervisning.
I Middelalderen udtalte Paris' Universitet sig ofte om samfundet og politik, f.eks. i 1500-tallet under religionskrigene mellem protestanter og katolikker, hvor de var imod protestantismen. Under 100-årskrigen holdt de med englænderne og senere anerkendte Henrik d. 5. af England som fransk konge.
Det hed Paris' Universitet frem til 1793. Da skiftede det navn til Frankrigs' Universitet. Fra 1896 hed det igen Paris' Universitet indtil 1970. Da blev det splittet op i 13 selvstændige universiteter i Paris. De fire første hedder:
Paris I - Panthéon-Sorbonne Universitet
Paris II - Pantheon-Assas Universitet
Paris III - Sorbonne Nouvelle Universitet
Paris IV - Paris-Sorbonne Universitet
Og disse 4 universiteter (ud af 13) holder primært til i den store gamle Sorbonne bygning ved Place de la Sorbonne i Latinerkvarteret. Tre ud af de 13 universiteter har ordet Sorbonne i sit navn.