Efter slaget ved Jena i 1806, hvor Napoleon vandt over preusserne, bestemte han, at der skulle opføres et ærestempel for den franske hær. Endnu en gang blev det eksisterende arbejde revet ned, og arbejdet med templet påbegyndtes. Efter Napoleons fald i 1814-15 besluttede kong Ludvig d. 18., at det skulle være en kirke, hvilket også var den oprindelige ide. Kirken blev indviet i 1842.
Madeleine har ingen tårne, vinduer eller klokke, hvilket gør at den udvendigt ikke umiddelbart ligner en kirke. Den ligner derimod et tempel fra Antikken. I den første halvdel af 1800-tallet var byggestilen Klassicisme på mode, hvor man lod sig inspirere af antikkens bygninger . Et væsentligt træk ved disse bygninger var søjler. Madeleine er da også omgivet af 52 korintiske søjler med en højde på 20 meter høje. Kirken er også opført efter samme grundplan som et græsk-romersk tempel.